Bei der Entkoffeinierung soll den Kaffeebohnen das darin enthaltene Koffein teilweise oder auch nahezu vollständig entzogen werden. Dazu gibt es verschiedene Verfahren. Zum Einsatz kommen diese bei den grünen – also den noch nicht gerösteten – Kaffeebohnen. Manche Menschen die gerne auch einmal am Abend noch Kaffee wegen des Geschmacks trinken möchten, bevorzugen dann den entkoffeinierten Kaffee, damit sie besser einschlafen können. Manch andere reagieren empfindlich auf das Koffein und können dann trotzdem den Kaffeegeschmack genießen und müssen nicht ganz auf Kaffee verzichten. Häufig wird das Koffein mit Hilfe von Lösungsmitteln dem Kaffee entzogen. Der Rohkaffee wird zunächst gedämpft, beziehungsweise mit Wasser vorbehandelt. Dadurch wird die Bohnenoberfläche für das Koffein durchlässiger. Ein Lösungsmittel löst dann das Koffein aus der Bohne heraus und nimmt es auf. Sobald es mit dem Koffein gesättigt ist, kann es wieder von den Kaffeebohnen getrennt und von dem Koffein befreit werden. Dieser Vorgang wird dann sooft wiederholt, bis aus den Bohnen annähern das ganze Koffein entzogen ist. Als Alternative, die als besonders schonend gilt, können auch die Kaffeebohnen mit überkritischen CO2 gespült werden. Bei beiden Methoden werden die Bohnen im Anschluss getrocknet und dann wie sonst auch geröstet und weiterverarbeitet. Auch im entkoffeinierten Kaffee befindet sich noch ein geringer Anteil an Koffein. Um in der EU als koffeinfrei gelten zu können, darf nur ein Restgehalt von 0,1 Prozent Koffein im Kaffee enthalten sein. Generell ist der entkoffeinierter Kaffee nicht gesünder oder ungesünder wie der herkömmliche Kaffee. Die Verträglichkeit kann davon abhängen, welches Verfahren beim Entkoffeinieren angewandt wurde.